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Communication dans un congrès

Application de la FISH dans des environnements complexes : exemple de la paille de blé hydrolysée

Résumé : La FISH (Fluorescent In Situ Hybridisation) est une méthode très pertinente en écologie microbienne pour étudier les bactéries actives. Elle reste toutefois peu utilisée sur des milieux denses riches en particules, du fait de la difficulté à préparer et visualiser ce type d'échantillon à cause de nombreuses interférences (autofluorescence, adsorption des cellules...). Cependant, Bertaux et al. (2007) ont appliqué avec succès la FISH sur des sols, après une extraction des cellules en gradient de densité. La méthode de Lunau et al. (2005) pour l'extraction des bactéries de sols et dénombrements au SYBR®Green a donné des résultats encourageants ; elle n'a toutefois pas encore été validée pour une application en FISH. Nous avons étudié une autre matrice complexe, la paille de blé, substrat abondant et peu cher, choisi comme source de matière organique pour alimenter le bioprocédé de production d'hydrogène développé dans le projet ANR HYCOFOL_BV. Le premier objectif a été de définir un protocole adapté au suivi par FISH des bactéries actives dans les bioréacteurs. Parmi les méthodes testées (Bertaux, Lunau, sédimentation), celle de Lunau a été la plus efficace pour éliminer les particules de paille de blé du jus de fermentation des réacteurs et récupérer le maximum de cellules inoculées, avec une marge d'erreur faible (estimée à 10%) lors des marquages au SYBR®Green et par FISH. Le nouveau protocole défini permet l'application de la FISH sur des matrices végétales type paille de blé. La perspective directe de ce travail est de l'appliquer au suivi de l'évolution de la communauté bactérienne dans les fermenteurs du projet HYCOFOL_BV.
Type de document :
Communication dans un congrès
Liste complète des métadonnées

https://hal-brgm.archives-ouvertes.fr/hal-00847419
Contributeur : Jennifer Hellal <>
Soumis le : mardi 23 juillet 2013 - 15:21:52
Dernière modification le : mercredi 10 juin 2020 - 16:56:13

Identifiants

  • HAL Id : hal-00847419, version 1

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Citation

Jennifer Harris-Hellal, Fabienne Battaglia-Brunet, Hafida Tris, Alan Guichard, Catherine Joulian. Application de la FISH dans des environnements complexes : exemple de la paille de blé hydrolysée. 6ème Colloque de l'Association Française d'Ecologie Microbienne, Oct 2013, Clermont-Ferrand, France. ⟨hal-00847419⟩

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